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International Neuroimaging Data-sharing Iniciative

¿Qué es XNAT? ¿Qué es XNAT?

XNAT es una plataforma informática de imágenes "open source", desarrollada por el Grupo de Investigación en Neuroinformática de la Universidad de Washington. Esta plataforma facilita la gestión común, la productividad y la realización de tareas de control de calidad sobre imágenes y datos asociados. Gracias a su flexibilidad, XNAT se puede utilizar para apoyar una amplia gama de ensayos clínicos basados en bioimagen

 

XNAT es completamente adaptable

La flexibilidad de XNAT es la razón de ser de esta aplicación. XNAT se puede configurar  de un gran número de formas y con ello apoyar la gestión de datos y proyectos. También se puede acceder y controlar la aplicación de diversas  formas mediante el uso del API REST (http://docs.xnat.org/XNAT+REST+API).


No importa lo que se pueda personalizar, el conjunto de características principales de XNAT girará en torno a un conjunto de tareas:
 

Cargar datos

 

XNAT soporta una amplia variedad de métodos para cargar los datos, incluyendo: Importación de datos DICOM tanto de la imagen como los metadatos, extraídos directamente desde un escáner, formularios personalizados para la entrada directa de datos clínicos o psicométricos, y uploaders de ficheros ZIP con capacidad de manipular datos archivados de todo tipo.

 

 

 

Organizar y compartir sus datos

 

Todos los datos almacenados en la plataforma XNAT se asocian a un proyecto definido por el usuario. Esta asociación es la base del modelo de seguridad XNAT: los usuarios tienen acceso a los datos por medio de uno o más de proyectos
Un proyecto se puede configurar a partir de un ensayo clínico determinado o de proyectos que corresponden a un determinado FIS, etc. Por otro lado la creación de un "proyecto"  conceptualmente representa  actividades de estudio tanto multicéntricas como individuales. También se puede crear un proyecto como una forma de agrupar una serie de datos dispares, pero relacionados entre sí, que existan en otros proyectos. En resumen quién lo quiera es libre de utilizar cualquier esquema de organización del proyecto que usted elija y que esté a disposición de la comunidad científica

 

Ver y descargar sus datos

 

XNAT también incluye un visor de imágenes on-line que soporta varios formatos de imágenes neurológicas, incluyendo tanto formato DICOM como Analyce. Los usuarios pueden configurar el sistema para que soporte formatos adicionales y genere pantallas personalizadas. Mediante la gestión de datos con XNAT, los laboratorios estarán preparados para mantener la integridad a largo plazo de sus datos, y para explorar relaciones emergentes a través de los diversos tipos de datos, compartiendo información con la comunidad científica en el caso de neuroimagen..


 

Proteger y administrar el acceso a datos

 

XNAT permite aplicar procedimientos de control de calidad  y además ofrece accesos seguros para que se pueda acceder a los datos teniendo el control de acceso los coinvestigadores participantes del proyecto, además de acceso público en general. XNAT sigue una arquitectura de tres capas que incluye un archivo de datos, una interfaz de usuario y el motor o middleware. Los datos se pueden introducir en el archivo como un XML o a través de formularios de entrada de datos. Los datos agregados se almacenan en una carpeta virtual en cuarentena denominada "Prearchive" hasta que un usuario autorizado la valida. XNAT posteriormente mantiene un perfil del histórico para rastrear todos los cambios realizados en la gestión de datos.
El acceso de los usuarios a los archivos se proporciona a través de una aplicación web segura. La aplicación web proporciona un control de acceso y además incluye los formularios de entrada de datos asociados al proyecto, búsquedas de datos específicos, búsquedas que se combinan a través de los tipos de datos, informes detallados y listas de datos experimentales, herramientas de carga / descarga, acceso a flujos de trabajo,  herramientas de administración y seguridad.


 

Búsqueda y exploración de grandes conjuntos de datos

 

 

XNAT proporciona una interfaz web muy versátil que le permite almacenar, recuperar, navegar y consultar los datos que corresponden a las estructuras de datos que son más importantes para los usuarios. Puede almacenar los patrones de búsqueda, personalizar los resultados y compartirlos con otras personas para que puedan explorar sus propios datos de forma similar.

 

 

 

Ejecutar posproceso complejo de los datos, por medio del uso de alta computación

 

XNAT incluye el manejo de pipelines de gran alcance que permiten la programación de flujos de trabajo complejos con múltiples niveles de automatización. Su API segura permite a grupos de alta computación poder llevar a cabo estos procesos, ahorrando tiempo y ancho de banda. También se pueden automatizar los procesos de control de calidad para asegurar la validez de los datos en bruto.